Podczas jej wykonywania działania mózgu mogą zmienić się następująco: podczas rozpoczęcia medytacji automatycznie zmienia się aktywność mózgu ze stanu beta (od 12 do ok. 28 Hz) do stanu alfa (od 8 do 13 Hz). Następuje także obniżenie aktywności emocjonalnych struktur mózgu (ciała migdałowate), które są odpowiedzialne m.in. za odczuwanie strachu, co pozwala na przywrócenie kontroli nad emocjami – optymalizacja wydzielania neuroprzekaźników regulujących samopoczucie, takich jak: serotonina, która odpowiada za poczucie zadowolenia i przyjemności i dopamina, która odpowiada za aktywne poszukiwanie nowości, daje chęć do działania, poprzez co możliwe będzie rozwinięcie pozytywnego nastroju i aktywizacja koncentracji.